Согласно древним легендам, дошедшим до наших времен, в Японии ниндзя выполняли функции секретных шпионов и холодных, расчетливых наемных убийц, которые всегда доведут порученное дело до конца. Ниндзя всегда проходили самую лучшую подготовку и владели сложным боевым искусством ниндзюцу. Но главным умением ниндзя считалось быть незаметной тенью, призраком, которые внезапно появляются и так же внезапно исчезают без малейшего шума.
Фильм «Ниндзя» повествует об американце Кейси, который долгие годы проходил обучение искусства ниндзюцу в одном из храмов в Японии под руководством мудрого учителя. Когда же парень оказался готов учитель попросил Кейси отправится в Нью-Йорк, чтобы разыскать и вернуть сундук в котором хранится древнее оружие последнего клана ниндзя Кога. По легенде оружие Кога обладает великой силой, тысячелетиями передающаяся от поколения к поколению. Сумеет ли Кейси противостоять опасным противникам в большом мегаполисе?